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[硕士论文] 吕晓钰
科学技术哲学 山东大学 2011(学位年度)
摘要:分类学作为生物科学的基础性学科,实质是选取生物体的特征,并在比较中找出共性,进而确定生物在系统发育中的位置。其导向是如何更好地反映系统发育关系,最大程度地重建物种进化发展过程,为生物科学做好基础性服务。对于国内生物分类学研究薄弱的问题,本文拟从全新的视角切入,加强哲学层面的思考,力争为生物分类学家提供一种新的思路。
   本文的结构如下:
   第一章首先介绍了论文写作的缘起和意义,指出文章的主要目的是对国家自然科学基金委主任陈宜瑜所提出的分类学问题进行哲学层面的分析,进而为生物学家提供有益的思考。本部分对生物分类学的重要性及其所遇到的外部困难进行了扼要总结,同时将苇点放在国内分类学家和生物学哲学界的研究上,指出这方面的研究较为匮乏。
   第二章围绕分类的重要皋础--进化与物种展开论述。主要结合分类学对进化的动力、速率和方向以及物种的概念与形成进行了探讨,并指出一旦基础概念的确定性存在较大的争论,势必对分类学的发展存在消极的影响。因此在分类的过程中,把握好基础性问题、综合考虑各方面因素显得尤为重要。
   第三章考察了生物学、生物学哲学研究中存在的还原论与整体论之争。通过对生物学研究从博物学传统到数理传统变化的分析,指出生物学家内部出现了两种观点分歧:一种观点是,生物学研究的根本方法是数理研究方法,完全可以用物理、化学等学科的内容解释生物科学;另一种观点认为生命体是具有涌现性和整体性的,绝不只是物理学家们所说的只是一堆分子之和。从而形成了两个阵营,即坚持将生物科学还原为物理科学分支的还原论阵营和强调生物体自主性、涌现性和整体性的整体论阵营。通过对这种争论的分析指出,如果只剩下“物自体”,物理学规律虽然有效但已失去了存在的意义。物理学与生物学在本体论上虽有差别,但在认识论上应平等对待。虽然极端的还原主义者和整体沦者并不多见,但澄清二者关系,解决二者之间的矛盾仍然是十分必要的。
   指出还原论可以有两种理解方式,一种是本体论的还原,另一种是方法论的还原。在生物学研究中理应规避本体论还原的思想,坚持还原方法的运用。
   第四章重新回到分类学的哲学思考上。在简要介绍分类学及各学派的基础上,结合还原发生的过程,指出分类学本质上具有还原性特征。分类就是把特征还原为物种(即用特征解释物种),在此基础上把特征对比还原为系统发育。如果将还原坚持到底,就容易转化为本体的还原论。分析得出各分类学派因自身方法的不同,坚持还原的程度不同。同时指出,要克服分类学的还原论倾向,应该充分考虑整体性特征。
   第五章围绕系统生物学的哲学基础以及操作方法,指出它在一定程度上弥合了还原论和整体论之间的分歧,分类学所需要的正是这样一种兼顾二者的研究方法。文章进一步分析了分类学与系统生物学的结合如何可能,希望生物分类学走出一条新的道路。同时指出,这种方法是一种哲学上的思考和进路上的启示,需要在实践中加以验证完善。最后,根据分类学当前的任务,强调了其他的分类方法在不同的分类领域仍起着至关重要的作用。
   本文的创新点主要表现在以下三个方面,分别为文章的第三、第四、第五章的核心内容。
   一、通过分析生物学传统的演化过渡到分析两种理论的争论,将迈尔的结构还原论、解释性还原论、理论还原论分别归结为两种意义上的还原--本体论还原和方法论还原。指出在生物学中更应该坚持方法论的运用,对待各种行之有效方法,应该以一种“拿来主义”的态度对待它们,让它们服务于生物学的研究。
   二、指出分类方法的两个基本步骤,先是用归纳的方法找出相似性特征,然后从特征中推导出物种概念并使概念尽可能接近进化过程中的物种自身。这两个步骤对应分类学的两个任务,即回答同一物种的共同特征是什么和该物种在系统发育系统中的位置。指出这个过程的缺陷与波普尔所批评的逻辑实证主义归纳方法的缺陷在本质上是相同的。根据“理论还原就是理论解释,一个理论(T2)被还原为另一个理论(T1),意味着T2能从T1中推导出来”这一论断,结合图表,指出分类过程本身其实是通过某些代表性特征去推导出某物种的概念陈述,在具体的分类过程中物种的概念陈述需要还原到特征才可以进行操作。因此生物分类学在本质是还原性的。同时指出,这种还原如果仅仅是一种方法论上的还原是没有问题的,切忌误入本体论还原的泥沼(本体沦的还原就是彻底还原论),从而影响分类方法的使用和分类学科的发展。
   接下来指出,支序分类学派还原论倾向性较强;进化分类学派是一个杂糅了整体和还原思路的学派;数值分类学派从整体论出发,但因分类学本质所决定仍难以避免还原论的倾向。分子水平分类方法同样具有还原论的倾向,缺少了整体性思想。
   分类学派的还原论倾向性因其还原性的本质所决定是不可避免的。但就生命科学研究而言,我们必须摒弃部分可以完全解释整体,整体能够完全还原到部分的错误思想。但就生物体的复杂程度来看,分类学所能选择的特征只能是部分代表性的特征。目前的现状是这部分特征很少包含有整体性的因素。要解决这个问题就必须找到能够兼顾还原和整体的方法,用于分类特征的选择。
   三、对国外功能性系统生物学的研究进行了论述,指出这种生物学研究方法在哲学基础上摒弃了还原论与整体论之间的争论,将基因组学作为技术工具,用还原的策略来体现系统的功能;在操作方法上将有生命的初始单元--细胞作为初级研究对象,采用自上而下或自下而上的方式利用计算机建模这种“硅细胞策略”,计算出分子间的相互作用关系,重现分子之间的涌现性。指出系统生物学的研究和合了分类学方法的要求,为分类学发展指出一条道路。另外,简要分析了这种方法的不足之处。
   总之,本文结合分类学的发展分析了物种和进化概念的变化,对不同分类学派的分类方法尤其生物学中存在的还原论与整体论之争进行深入探析。在此基础上,指出还原论可以分为本体论和方法论上的还原两种形式,在方法论意义上使用的还原性方法和整体性方法,是完全可行的。
   本文经过分析得出,分类方法在分类的过程中必然要使用还原方法,其本质是自身具有还原性。即用所选择的重要特征来解释物种,以特征的对比来解释重建系统发育关系,进而将这种原则应用于具体的分类方法。文章将主要的分类学派一一进行了分析,指出不同学派的本体论还原倾向或整体论倾向各不相同,重要的是在方法的运用过程中不可偏执一端。提出在分类方法操作中兼顾整体方法和还原方法的思想,结合国际上系统生物学的发展,试就两种方法在分类学中的结合以及系统生物学给予分类学的启示进行了论述,希望分类学能够走向和而不同的道路。
[硕士论文] 杨勇
生物学 细胞生物学 兰州大学 2009(学位年度)
摘要:我们从甘肃河西走廊地区的高盐环境采集到样品,进行嗜盐微生物的分离和多相分类学研究。并对分离到的嗜盐菌菌株进行形态特征、培养特征观察和生理生化性质的测定,以及16S rRNA序列分析等多项分类技术对其进行系统的分类研究。 采用分离用固体培养基对样品中的嗜盐微生物进行分离和筛选,先后两次共得到28个菌株,并对其中4个菌株做了更深入的研究。其中海球菌属(Marinococcus)的三个菌株DH1、DH3、AF2均为革兰氏阳性球菌,好氧,有鞭毛,能运动,无内生孢子,最适生长温度为28℃,最适盐度为8%,过氧化氢酶阳性,氧化酶、脲酶、酯酶阴性,并且均不能水解淀粉、干酪素和明胶。AF2不能在没有NaCl的条件下生长,DH1和DH3可以;AF2的硝酸盐还原反应为阳性,DH1和DH3的为阴性;DHI在没有Mg2+的条件下活力受到明显的影响,DH3在Mg2+不存在的情况下活力受到轻微的影响,AF2则对Mg2+不敏感;三者在碳源利用和抗生素实验中也有较明显的差别。Lentibacillus属的菌株AK5为革兰氏阳性杆菌,大小为0.5-0.7×1.5-3.0μm,有鞭毛,能运动,不产芽孢,好氧,最适生长温度为37℃,生长NaCl浓度范围为0%-15%,过氧化氢酶和脲酶阳性,氧化酶阴性,能够水解淀粉和明胶,不能水解干酪素和纤维素,硝酸盐还原、甲基红实验及VP实验阳性,不产生H2S和吲哚,对四环素、氯霉素、青霉素、利福平敏感,不能以果糖、蔗糖、肌糖、乙酰胺和糊精作为唯一碳源,不能利用果糖产酸。 通过16S rRNA系统发育分析及生理生化特性的比较,菌株DH1、DH3、AF2可能为海球菌属潜在的新种,菌株AK5可能为Lentibacillus属潜在的新种。
[硕士论文] 董长永
海洋生物学 辽宁师范大学 2008(学位年度)
摘要:蛾螺科属于软体动物门(Mollusca),腹足纲(Gastropoda),在全世界有数百种。目前已报道在我国分布的蛾螺科种类有13个属,约31个种,但其系统学和一些种类的分类地位仍存在较大的争议。本研究利用核糖体小亚基18S rRNA基因、核糖体大亚基28S rRNA基因及线粒体COI基因的部分序列对我国辽宁、山东、福建沿海蛾螺科内5个属10个种的系统发生进行了分析。通过PCR分别获得了大约1800bp、1400bp和700bp的片段,测序之后,通过遗传分析软件对序列进行了比对分析,利用Neighbor-joining(NJ)法、Minimum evolution(ME)法和Maximum parsimony(MP)法建立了系统树。结果显示,所研究的蛾螺科5属10种可以被分为5个亚群:第一大分支为香螺亚群,包括Neptunea属的香螺、新英格兰蛾螺、Neptunea eulimata Dall、和一个未知种以及Siphonalia妇属的略胀管蛾螺;第二个分支为侧平肩螺亚群;第三个分支为水泡蛾螺和黄海蛾螺亚群;第四个分支为褐管蛾螺亚群;第五个分支为方斑东风螺亚群。由系统学分析可知,香螺是蛾螺科中较为进化的种;未知种为香螺属内的种;略胀管蛾螺与Neptunea属的种类亲缘关系较近,建议将略胀管蛾螺归为Neptunea属。
[硕士论文] 阮灵伟
生物化学与分子生物学 厦门大学 2006(学位年度)
摘要:微生物是地球上最大的生物资源宝库,嗜热微生物作为其一个重要的组成部分,由于生长环境的极端特殊性,使得它们具有了一套独特的酶系统和防御机制来适应这种对大多数生物来说是难以生存的环境。它们细胞和酶蛋白独特的耐热性和与之相适应的分子结构,使之成为了人们开发利用的重要生物资源,从中分离和提取的新颖工业酶和其他生物活性物质在基因工程、蛋白质工程、发酵工程及矿产资源的开发利用上均有很大的应用价值。更为重要的是,嗜热微生物在生物系统进化中具有特殊地位,蕴涵着生命进化历程的丰富信息,对其环境适应性机理等生理特征的研究,将对研究生命的起源,进而揭示生命现象的本质具有重要的意义。 本文从厦门周边地区温泉采集得到样品,在75℃和80℃的温度下进行培养并分离得到60株嗜热菌。由于传统上微生物主要依靠培养和生化等表型特征进行分类鉴定,较为烦琐。为了从大量的菌株中筛选出不同的菌株,有效的简化筛选过程,我们运用了细菌全蛋白SDS-PAGE电泳比较分析、RAPD比较分析和16S-23SrDNA间隔区比较分析等分子生物学方法从中筛选得到7株种属不同的嗜热菌,并进一步运用16SrDNA序列分析鉴定其种属关系,为进一步研究奠定了基础。 由于嗜热菌的最适生长温度比较高,因此其对环境温度变化的适应性不仅对其生存、生长至观重要,而且对于研究其与常温菌等其他微生物的关系,进而解开生命进化之谜具有重要意义。在筛选得到的菌株中,我们选取了WH-10作为进一步的研究对象,运用随机引物PCR技术(RandomarbitrarilyprimedPCR,RAP-PCR),以最适生长温度(75℃)作对照,研究WH-10在最低生长温度(45℃)下基因表达的差异。通过对RAP-PCR优化,差异基因筛选的阳性率得到了极大地提高。在筛选到的53个差异片段中,我们选取了35个差异片段进一步用Northernblot进行验证,其中有18个差异基因证实在转录水平上存在着表达差异。这些基因主要涉及细胞膜表面结构的改变、转录调控以及生理代谢的适应性调整,比较全面的反映了嗜热微生物对低温环境整体的适应性,将有助于阐明嗜热微生物对环境温度的适应性机制。 在筛选到的栖热菌属(Thermus)的菌株中,我们分离到了其所携带的质粒。通过对质粒进行序列测定我们得到contig243、contig245、contig265和contig458等4个DNA片段。在进一步的序列分析、PCR扩增以及Southernblot验证的基础上,初步判定该菌携带有两个质粒,contig265组成pS4C,而contig243、contig245和contig458组成pL4C。通过对所得序列基因功能的预测,除了维持质粒自身复制所需要的replicationprotein外,在质粒上编码最多的基因是与DNA修复相关的基因(如DNAG:T-mismatchrepairendonuclease、C-5cytosine-specificDNAmethylase等),另外,在质粒上还编码有transposase和integrase等遗传重组基因。进一步的测序分析将使我们获得质粒全序列,同时也将为我们阐明质粒上的基因功能,从而帮助我们了解质粒与嗜热菌宿主的关系。此外,对嗜热菌质粒改造的进一步研究正在进行之中。
[博士论文] 姚鹏
海洋化学 中国海洋大学 2005(学位年度)
摘要:以色素为基础的海洋浮游藻化学分类方法具有方便快捷,适于大批量样品连续分析的优势,是一种很有潜力的从宏观上研究浮游藻群落结构变化,进行海洋生态调查的好办法。通过色素分析还可能发现传统方法难以观察到的微型和微微型浮游藻种类的存在,从而丰富和完善对海洋浮游藻种类组成的认识。 本文选用一个经典的高效液相色谱色素分析方法,并对其适用性进行了系统地验证,在此基础上,对自2003年12月至2004年10月采集的胶州湾表层海水样品中的浮游藻色素进行了定性定量分析。在共123个样品中检测出33种色素,其中主要的色素种类为叶绿素a、岩藻黄素、多甲藻黄素、叶绿素b、19-丁酰氧基岩藻黄素、19'-已酰氧基岩藻黄素、玉米黄素、青绿素和别黄素。根据检测出的色素种类判断胶州湾存在的浮游藻包括硅藻、甲藻、绿藻、金藻、定鞭金藻、蓝藻、青绿藻和隐藻等8个类群。 在浮游藻的化学分类方法中,以CHEMTAX程序为代表的矩阵因子化方法具有能够对全部的浮游藻种类进行计算、方便快速和结果合理等优点。它通过逐步变化浮游藻种类的特征色素对叶绿素a比值,将样品的各种色素含量在不同的藻类间进行分配,满足限定条件的最优解即为结果。本研究从样品的色素数据变化趋势、浮游藻种类组成、初始色素比值、色素比值矩阵的构成等方面分析了影响CHEMTAX计算结果的因素,发现优势种类的特征色素对叶绿素a的初始比值的变化对其丰度计算结果影响不大;当浮游藻种类组成设定和初始色素比值发生变化时,受影响最大的是那些和发生变化的种类的特征色素不交叉,并且其本身的特征色素对叶绿素a比值比较大的种类;为不同藻所共有的特征色素对这些藻的计算结果有明显的约束作用等。研究结果显示胶州湾的主要浮游藻种类是硅藻、隐藻和青绿藻,三者丰度之和平均在90%左右。硅藻是胶州湾最重要的浮游藻类型,其丰度在冬季(2004年2月)和春季(2004年5月)各形成一个高峰,分别为85%和77%,全年平均丰度达70%;在空间上具有近岸较高,湾口和湾中部较低的分布特征,并且低值区有从湾口靠近东南岸向湾中部延伸的趋势,特别是在季节转变的月份。这些时空分布特点和历年来对胶州湾浮游藻种类调查所。获得的分布趋势相符。 本研究还选用12种(14个品系)实验室培养的纯种浮游硅藻,运用高效液相色谱方法分析了色素组成,并通过特征色素比值组合对海洋浮游硅藻的分类进行了初步研究。通过聚类分析发现了三个特征色素比值组合,即叶绿素c2:叶绿素c1、岩藻黄素:总叶绿素c和硅甲藻黄素:硅藻黄素,使用它们可以将实验用的12种硅藻分成和生物学分类相吻合的4类,这为浮游藻分类提供了一个新的思路。 含青绿素的青绿藻是一类超微型光合真核浮游藻,在近岸水体的初级生产过程中发挥着重要作用。青绿素是其特征色素,可以用于判断这一类藻的存在与否和计算其丰度。本文在胶州湾首次检测出青绿素等特征色素,这也是在我国海域首次检测到。分子生物学实验确认了曾经在胶州湾发现过的细小微胞藻(Micromonaspusilla)的存在。扫描电镜下观察发现样品中有大量直径2-5μm,球状、无鞭毛、表面有不同程度褶皱的单细胞藻类,表明样品中还可能存在非细小微胞藻的含青绿素的青绿藻。从色素组成以及电镜观察、分子生物学结果综合判断,胶州湾中超微型青绿藻以2-5μm球藻为主,可能的种类包括蚝球藻(Ostreococcus)、青绿球藻(Prasinococcus)、密球藻(Pycnococcus)、青绿皮藻(Prasinoderma)和微胞藻(Micromonas)等。通过文献中报道的青绿素对叶绿素a的比值,估算了这一类藻的丰度,发现在2004年5月和8月的胶州湾,含青绿素的超微型青绿藻的丰度分别为8.5%和17.0%,个别站位则分别高达25.9%和36.3%。粒径分级色素分析的结果则显示超过80%的青绿素等特征色素分布于2-20μm浮游藻粒径范围,20μm以下粒级浮游藻的叶绿素a超过50%是由含青绿素的超微型青绿藻贡献的。这样高丰度的一类藻在传统的生物学调查中被忽略,但是其对海洋近岸水体的初级生产的贡献是确实存在并可能有显著影响的,值得进行深入研究。
[博士论文] 林晓凤
水生生物学 中国海洋大学 2005(学位年度)
摘要:国际间有关海洋侧口类纤毛虫在近半个世纪里一直没有任何深入系统的研究,尤其考虑到纤毛虫的现代分类学始于最近三十年,这导致了该目以纤毛图式为代表的现代分类学资料的普遍缺失,进而使对海洋类群的鉴别与廓清、有效种的认定等种间分类学研究处于一种半空白状态。 作者于2001-2005年间对以青岛沿岸为主的山东沿海多类生境(潮间带、岩礁、泥沙底质、自由开放水域、入海口、水产养殖/育苗水体等)中国内外迄今十分缺乏了解的侧口类纤毛虫开展了以形态分类学为主的研究。主要结果包括: 对侧口目科属级阶元做了系统的修订与清理,建立了检索表并在“纤毛图式”水平上重新描述了各科、属的定义。同时,研究建立了3个新属:后裂口虫属ApoamphileptusLin&Song,2004,表叶虫属EpiphyllumLin,Song&Warren,2005,后漫游虫属Apolitonotusnov.gen.,三属的主要特征分别为: 后裂口虫属Apoamphileptus:除右侧体动基列在体前端形成缝合线外,左、右体动基列在口区后方也形成特征性的缝合线;左右各一条围绕胞口的围口动基列终止于口区末端而不向后延伸。 表叶虫属Epiphyllum:左右侧面均由体动基列形成缝合线;虫体右侧面有绕体一周的外围动基列;周边无棘刺状原生质突起分布。 后漫游虫属Apolitonotus:射出体沿口区或整个腹缘分布;右侧体动基列的前端终止于靠近背缘的几列完整体动基列。 对其中国际间长期存疑、分类学资料不详以及未明的27个种做了包括活体形态学、统计学及“纤毛图式”水平下的深入研究和全面的补足性廓清与厘定。 在详尽的纤毛图式资料比较的基础上,研究并建立了21个新种:顾氏裂口虫AmphileptusguiLin,Song&Warren,2005,余氏裂口虫AmphileptusyuianusLin,Song&Warren,2005,希氏裂口虫AmphileptussikoraiLin,Song&Warren,2005,侯氏裂口虫Amphileptushouinov.spec.,艾氏裂口虫Amphileptusaeschtinov.spec.,伊氏裂口虫Amphileptuseignerinov.spec.,罗氏后裂口虫ApoamphileptusrobertsiLin&Song,2004,张氏后漫游虫Apolitonotuszhanginov.spec.,波戈漫游虫Litonotusbergerinov.spec.,伯氏漫游虫Litonotusblattererinov.spec.,派氏漫游虫Litonotuspetzinov.spec.,龚氏漫游虫Litonotusgonginov.spec.,顾氏漫游虫Litonotusguaenov.spec.,沈氏漫游虫Litonotusshenaenov.spec.,郑氏漫游虫Litonotuszhengaenov.spec.,金氏斜叶虫LoxophyllumjiniLin,Song,Wilbert&Warren,2005,邱氏斜叶虫LoxophyllumqiuianumLin,Song,Wilbert&Warren,2005,拟清亮斜叶虫Loxophyllumparahelusnov.spec.,宋氏斜叶虫Loxophyllumsonginov.spec.,崔氏斜叶虫Loxophyllumchoiinov.spec.和辛氏斜叶虫Loxophyllumshininov.spec.。 首次给出以下两个迄今未明、历史资料极其混乱的种的纤毛图式及统计学资料,并确定了其系统地位:蠕状刺叶虫Kentrophyllumverrucosum(Stokes,1893)Petz,Song&Wilbert,1995和坚实表叶虫Epiphyllumsoliforme(Fauré-Fremiet,1908)Lin,Song&Warren,2005。 新研究和补充描述了以下4个种的青岛种群:内弯亚册虫AcineriaincurvataDujardin,1841,拟天鹅漫游虫LitonotusparacygnusSong,1994,尹氏漫游虫L.yinaeSong,1991,喙突斜叶虫LoxophyllumrostrutumCohn,1866。 同时对所涉及相关种之前人所遗留的混乱做了全面的清理和厘定,包括建立10个新组合并对部分同物异名作了清理及合并处理: 10个新组合:Apoamphileptusclaparedii(Stein,1867)Lin&Song,2004[Syn.AmphileptusclaparediiStein,1867];Apolitonotusantarcticus(Song&Wilbert,2002)nov.comb.[Syn.LitonotusantarcticusSong&Wilbert,2002];Epiphyllumsoliforme(Fauré-Fremiet,1908)Linetal.,2005[Syn.LoxophyllumsoliformeFauré-Fremiet,1908];Kentrophyllumozakii(Shigematsu,1953)Linetal.,2005[Syn.LoxophyllumozakiiShigematsu,1953];Loxophyllumpictus(Gruber,1884)nov.comb.[Syn.LitonotuspictusGruber,1884];Litonotuslevigatum(Sauerbrey,1928)nov.comb.[Syn.LoxophyllumlevigatumSauerbrey,1928];Litonotusundulatum(Sauerbrey,1928)nov.comb.[Syn.LoxophyllumundulatumSauerbrey,1928];Litonotusvermiforme(Sauerbrey,1928)nov.comb.[Syn.LoxophyllumvermiformeSauerbrey,1928];Litonotusmultiplicatum(Kahl,1931)nov.comb.[Syn.LoxophyllummultiplicatumKahl,1931];Loxophyllumtrichocystiferus(Foissner,1984)nov.comb.[Syn.LitonotustrichocystiferusFoissner,1984]。 同物异名:Kentrophyllumverrucosum(Stokes,1893)Petzetal.,1995[Syn.LoxophyllummultinucleatumOzaki&Yagiu,1943];LitonotusyinaeSong,1991[Syn.LitonotusemmerichiPetzetal.,1995];Loxophyllumparahelusnov.spec.[Syn.LoxophyllumhelussensuDragesco,1960;Loxophyllumhelus(varietya)sensuDragesco,1966]以及LoxophyllumrostrutumCohn,1866[Syn.LoxophyllumhelussensuPenard,1922;LoxophyllumhelussensuKahl,1931;(?)LoxophyllumhelussensuOzaki&Yagiu,1943;Loxophyllumhelus(varietyb)sensuDragesco,1966]。
[硕士论文] 孙静
科学技术史 华南师范大学 2016(学位年度)
摘要:“生物谱系命名法规”的提出主要基于以下几个原因:1)分支分类学派的研究结果与传统的林奈等级系统无法兼容。根据分支分类学派的主张,当两个支系相对其他支系彼此具有更多的共同衍征时,这两个支系被认为有更近的共同起源,互为一对姐妹群,在谱系图上表现为一个节点产生的两个分支。由于一对姐妹群在起源上是同时产生的,无论分裂后的进化发展如何,从进化的历史上来说都应该是同一等级。这样每次支系分裂即产生一个新的等级,其数量之多,无法纳入以“界、门、纲、目、科、属、种”为主要等级阶元的林奈系统。2)国际命名法规所采用林奈提出的“属名+种名”的双名制命名方法,是极不稳定的。这表现在,如果新的分类研究结果改变了一个物种原来所在的“属”,那么其名称也要随之改变。但从逻辑上讲,被命名的实体未发生变化,名称也不应该改变,因此,传统的命名方法具有缺陷。3)生物学哲学家提出“物种作为个体”的命题,并进一步论证“个体”名称应该采用实指定义。而传统的分类和命名,将物种视为具有本质的“类”,使用特征列表形式的内涵定义。由于所列出的特征可能在进化中丢失或变异,因此与进化的分类学难以保持一致,并且特征集合并不能代表一个分类单元的本质,应该抛弃。
  奎洛兹和坎狄诺等人于2000年撰写了“生物谱系命名法规”的第一版草案。按照法规条款,每个分类单元的名称需要给出相关的系统发育定义,可采用“基于节点”、“基于基干”和“基于衍征”的三种方式。这样的定义被认为是基于“物种作为个体”的个体主义思想建立的,反对类型思想要求成员具有充分必要的特征以及内涵的定义形式,主张物种是一个有结构的整体,其名称应该通过实指定义直接指明对应的个体。但是,在实际命名中谱系法规违背个体主义的这些主张,造成了逻辑的不一致性。为解决这一问题,区分分类单元的命名和分类阶元的定义是关键。一个词在做分类单元的名称时是直接指称的,但表示分类的阶元范畴时,是可以定义的类。定义的外延和直接指称的实体并不需要完全一致,因为定义是约定的、理想的,其外延不是先验可知的。谱系法规与传统命名法同样混淆了词语的这两种用法,因此并没有解决命名中的根本问题。
[硕士论文] 羊海军
植物学 华南农业大学 2005(学位年度)
摘要:  紫花苜蓿复合体(Medicagosativacomplex)是蝶形花科苜蓿属的重要植物类群,广泛分布于高加索、中亚细亚、西伯利亚和我国新疆一带的荒漠草原、山地草原、草甸草原及山地草甸等生境中,是世界公认的重要牧草资源。在我国,它们主要分布于天山山脉和阿尔泰山山脉之间的新疆北部山区。本文以国产紫花苜蓿复合体为研究对象,采取表征形态学和等位酶分析方法,应用表征形态和酶蛋白大分子两个水平的分类依据,对其开展系统分类学研究。
[博士论文] 陈德辉
水生生物学 中国科学院水生生物研究所;中国科学院水生物研究所 1999(学位年度)
摘要:铜锈微囊藻(Microcystis aeruginosa Kutz)是危害最大的蓝藻水华藻类.采用野外调查,实验生态和模型预测法研究蓝藻水华发生机制,建立了多因子的种群增长动力学方程及其竞争模式,揭示了光在藻类种群资源竞争中的重要作用.
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